2007年實施的《物權法》就一定范圍內的農村房屋買賣合法性予以明確，即本集體經濟組織成員內部有條件的相互轉讓，并未就農村房屋向本集體經濟組織以外的成員或機構抵押和出售予以解禁。但在司法實踐中，也存在因買賣時間長、交易雙方已經實際履行完畢、購房人已經實際居住等情況下認定為有效的案例。這樣的有效裁判不僅能反映裁判者對公平、誠信的內心確信，而且符合保障社會秩序、維護交易穩定良好風俗的目標，并為一般社會大眾的價值觀所包容。
上海高院在涉及農村宅基地房屋買賣糾紛案件不斷增多的情況下，及時出臺《關于審理農村宅基地房屋買賣糾紛案件的原則意見》，認為農村宅基地房屋買賣應嚴格按照法律法規的規定進行。對于由此引發的糾紛，應當綜合考慮出賣人出售房屋是否經過審批同意、合同是否履行完畢以及買受人的身份等因素，區分不同情況，妥善處理。具體如下：
第一，對于發生在本鄉(鎮)范圍內農村集體經濟組織成員之間的農村房屋買賣，該房屋買賣合同認定為有效。
第二，對于將房屋出售給本鄉(鎮)以外的人員的，如果取得有關組織和部門批準的，可以認定合同有效。
第三，對于將房屋出售給本鄉(鎮)以外的人員，未經有關組織和部門批準，如果合同尚未實際履行或者購房人尚未實際居住使用該房屋的，該合同應作無效處理。
第四，對于將房屋出售給本鄉(鎮)以外的人員，未經有關組織和部門批準，如果合同已實際履行完畢，且購房人已實際居住使用該房屋的，對合同效力暫不表態，實際處理中應本著尊重現狀、維持穩定的原則，承認購房人對房屋的現狀以及繼續占有、居住和使用該房屋的權利。
對此類案件進行處理時，亦應區分不同情況：
第一，按上述第三種情況處理的，雙方當事人應各自返還房屋及購房款。
第二，按上述第四種情況處理的，如果系爭房屋已經拆遷或者已納入拆遷范圍的，應在扣除購房人的購房款后，充分考慮購房人重新購房的合理支出，由購房人與出賣人按比例取得補償款，其分割比例一般可以考慮在7:3左右。
在我國城市化進程不斷深入，城市建設和城市規模不斷擴大的情況下，大量土地被征收征用，尤其是城市周邊的農村集體土地，這一過程也涉及對農村集體土地上房屋及其附屬物的拆遷，拆遷過程中又引發更多的宅基地房屋糾紛，在此形勢下，上海高院民一庭又出臺《 關于審理宅基地房屋糾紛若干問題的意見(試行)》對相關情況進行規范，具體如下：
一、宅基地房屋權屬的確定
我國一直未建立農村房屋所有權等級制度，宅基地房屋則歷經土改登記、及未新建、翻新、改擴建的演變。因此，在確定宅基地房屋權屬時，應綜合考慮土改證、宅基地使用證、建房用地審批等文件上核定的人員，以及房屋新建、翻新、改擴建等情況。
1、系爭房屋經土改登記，未經農村宅基地使用權登記及未新建、翻建、改擴建的，以土改時登記的權利人為房屋的權利人。
2、系爭房屋經土改登記及農村宅基地使用權登記，未進行新建、翻建、改擴建的，以土改登記及農村宅基地使用權證核定人員為房屋的權利人。
3、系爭房屋雖經土改登記，但在宅基地使用權登記前后新建、翻建、改擴建的，以農村建房用地審批文件和農村宅基地使用權證核定人員為房屋的權利人。當事人以土改登記為證據主張房屋產權的，不予支持。
有充分證據表明上述三種情況所列人員已被排除在權利人范圍之外的，不能再主張權利。確定宅基地房屋權利人的具體產權份額時，應當充分考慮仍為集體經濟組織成員的權利人以及對系爭宅基地上房屋一直進行維修、保養等義務的權利人利益。
二、宅基地房屋中未成年人權利的確認
根據《土地管理法》第62條 “農村村民一戶只能擁有一處宅基地”的規定，通常宅基地使用權的取得是以戶的名義獲得。農村集體經濟組織在確定一戶農村村民的宅基地使用權面積和房屋的建筑面積時，一般以該戶農村村民的人數作為主要參考依據。未成年人基于其在農村集體經濟組織中的身份，與其他成員以一戶的名義共同取得了宅基地使用權和房屋建設的許可，其父母等投資建造房屋的行為可視為包括未成年人在內的一戶農村村民的共同投資。《物權法》第142條規定：“建設用地使用權人建造的建筑物、構筑物及其附屬設施的所有權屬于建設用地使用權人”，農村建房用地審批文件中核定的未成年人可認定為宅基地房屋的共同所有權人。
三、宅基地使用權補償款的歸屬
農村宅基地房屋的動遷補償一般分為房屋補償和宅基地使用權補償。地上物的補償，應當歸屬房屋權利人。房屋原權利人已經死亡的，動遷補償款可依繼承關系進行處理。宅基地使用權補償款的分割，容易產生爭議，特別是非集體經濟組織的繼承人往往基于繼承關系而主張宅基地使用權，進而提出分割相應補償款。鑒于農村宅基地使用權具有很強的身份屬性，系農村集體經濟組織無償提供給本集體成員享有的，并且按戶計算。當一戶出現人口減少，宅基地仍是由一戶中剩余的成員共同使用，宅基地使用權的補償款則由該戶剩余的成員共同所有。若該戶已無農村集體經濟組織成員，或雖為農村集體經濟組織成員，但在他處已取得宅基地使用權的，該宅基地使用權的補償款一般由該戶房屋原權利人的繼承人取得，但集體經濟組織明確表示反對的除外。
四、尚未取得安置房面積的購買權分割
農村房屋動遷中，經常發生動遷部門與“農村宅基地使用證”的戶主簽訂拆遷協議，把所有房屋共有人利益結算在一起，每人享受安置面積按一定金額預扣在動拆遷部門。由于安置房屋未實際取得，原房屋共有人就拆遷利益在分析家產時要求確認安置房面積的購買權，其實際是主張分割房屋的權利。鑒于被動遷人將來可能獲得的房屋實際面積、位置等尚處于不確定狀態，法院不宜進行確權、分割。若動遷款預扣在動遷部門用于購置安置房的，動遷款亦可不作處理。當事人要求確認安置房面積購買權的，法院可判決駁回其訴訟請求，但在裁判理由中告知當事人可在房屋實際面積、位置等確定后再行主張。
